Die Auftragsgestaltung der Motorbootkompanie 10 ist generell flexibel gehalten,  wird im Wesentlichen jedoch wie folgt definiert:

• Unterstützung der Territorialdivisionen (Grenzwachkorps)
• Seeüberwachung sowie Kontrolle der einfahrenden Schiffe im schweizerischen Gewässer.
• Aufklärung Beobachtung sowie Nachrichtendienst

Für die Erfüllung dieser Aufgaben verfügt die MotBootKp10 über Patrouillenboote- und Motorboote, mit denen sie als Wassereinheit den erteilten Auftrag sofort und effektiv erfüllen können.

Im Neutralitätsschutzfall

• allgemeine Seeüberwachung
• Kontrolle der schweizerischen Gewässern einfahrender Schiffe
• Überwachungsschutz für Sonderanlässe und Diplomatengipfel

Im Verteidigungsfall

• Aufklärung auf dem See, speziell bei Nacht, Nebel und wo andere Umstände die
   Beobachtung der Seefläche erschweren oder verunmöglichen
• die Patrouillenboote 80 müssen und können dabei im 24h Betrieb eingesetzt werden